AlphaFold「奠基人」周耀旗：用37年的边角料研究，找一座「精神乌托邦」( 五 ) 每次看到家中昙花盛开

但因错过最佳就业季，最后只有4人给了答复。分别为伯克利大学的教授DavidChandler、威斯康星大学麦迪逊分校新上任的助理教授ArunYethiraj、MIT化工系做统计力学的副教授JonathanHarris、以及哈佛大学的教授MartinKarplus 。
前两位都因为经费不足而婉拒， Karplus则告知自己不在哈佛，第二年再联系。只有MIT的JonathanHarris给了周耀旗一个面试机会，却在周耀旗做讲座时睡着了一会儿。唯一的面试也以失败告终。
与此同时，周耀旗也申请了多个助理教授的职位，均无回应。这一刻，周耀旗走投无路了。
幸运的是，老板Stell亲自出面，找到了他在北卡州立大学做正教授的前学生CarolHall 。
在最后一刻，周耀旗通过师门关系，在师姐那儿续上了博士后。周耀旗去了之后才知道，那并不是一个全职博士后，工资只有离开公司时候的四分之一，连健康保险都没有。
1994年的8月，周耀旗在北卡开始了第二段博士后工作。
在Hall组里，他第一次离开简单分子，开始了高分子的统计力学理论的计算。此外，他学会了此后对他帮助重大的方势阱液体模拟，为他日后用非连续动力学研究生物大分子打下了计算基础。

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周耀旗（左三）在CarolHall（前排左二）组做博士后
次年，哈佛的Karplus在得知周耀旗去了北卡后，主动留下一句话：“如果你能申请到博士后奖学金，就到我这儿来。 ”
周耀旗查了查文献，把自己在北卡的简单高分子的工作往Karplus计算生物方向靠，决定把液体统计理论推广到生物高分子蛋白质上，研究“不同简单溶剂对蛋白质高分子稳定性的影响” 。
【AlphaFold「奠基人」周耀旗：用37年的边角料研究，找一座「精神乌托邦」】他用这个设想投了两个申请，一个NSF（美国国家科学基金会），一个NIH（美国国立科学研究院) 。
申请结果出来前，原来加州公司的张永峰又找到周耀旗，邀请他去新开的制药公司AmphastarPharmaceuticals继续一起创业。但周耀旗此时已经下定决心，要将学术这条“不归路”走下去。
因为博士后的申请同时需要未来博士后导师的推荐信， Karplus给力的推荐信，帮助周耀旗一举拿下了上述的两笔经费。周耀旗也顺利在1995年9月，正式开始了自己的第三个博士后。也正是从这一年，周耀旗开始了计算生物领域近三十年的研究历程。

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周耀旗与Marcy（左）和MartinKarplus夫妇
入组后，周耀旗得知Karplus有两个组，一个在哈佛，一个在法国。海投简历的那一年， Karplus一直待在法国，传说是更方便与提名诺贝尔奖的欧洲科学家打交道，而真正的原因是Karplus本人十分痴迷法国美食。
由此周耀旗被同事告知， “平常是见不到Karplus的。 ”但没想到，周耀旗刚进组， Karplus经常询问他的进展，比前几个老板还盯得紧。
周耀旗利用他的理论优势写了一篇《关于盐对蛋白质滴定和结合相互作用的影响》的文章， Karplus看后，鼓励周耀旗继续做下去。
这是来自Karplus的第一次肯定，周耀旗自然十分重视，但他依然决定换个方向，改做计算机模拟，毕竟Karplus以蛋白质计算模拟成名的。
在此之前，周耀旗也曾与师姐Hall做过高分子理论研究，毕竟是在简单液体理论之外的初次尝试。当与计算生物背景的Karplus联手，周耀旗尝试使用计算机做蛋白质简单模型的动力学模拟。