AlphaFold「奠基人」周耀旗：用37年的边角料研究，找一座「精神乌托邦」( 六 ) 每次看到家中昙花盛开

他把Hall那里学来的方势阱液体模拟的程序进行了改进，增加了幽灵粒子，准确模拟出了单链均聚物在不同温度下的热力学性能。这让周耀旗在分子动力学中的有了一个重要发现：单链在超过32个单体后，就开始在低温下有单分子液体到固体的相变，而且是有能量大幅度地接近一级相变的变化。
周耀旗将其称之为“Surface-MoltenSolid——表面融化的固体” 。直到现在，周耀旗仍然觉得这是生物高分子中一个重要的概念， “相当于一个物质的两态在同一个体系里体现出来了” 。
Karplus看到这个结果也很惊讶，两人合写了第一篇论文，发表在了影响因子8+的PhysicalReviewLetters期刊（物理领域最顶级期刊）上。
与此同时，周耀旗把这个一级相变，和同样是单分子链的蛋白质热力学性能联系起来，构造了一个新蛋白质模型，用来模拟蛋白质的可能相图。这项工作得出了“蛋白质单分子是表面融化的固体”这个结论，论文发表在了影响因子11+的PNAS期刊（世界四大名刊之一）上。
此时，周耀旗忽然发现，自己喜欢上了生物高分子中的物理问题。他表示， “做理论物理学的人都喜欢用简单的概念看物理问题，而生物高分子的问题也是一个物理问题。 ”
他抱有一个想法，或许化学物理和生物有某种契合，会碰撞出新的发现。在与Karplus的合作中，他愈发坚定走生物计算这条路。
周耀旗也很直白地讲，计算生物领域要比化学物理更容易获得经费，化学物理只能申请美国国家科学基金会（NSF）的钱，比较少，很多研究持续不了。
在哈佛的工作稳定下来后，周耀旗忽然心血来潮，想去拜访一下隔壁MIT拒绝过他的MIT教授JonathanHarris 。当周耀旗在网上搜索这位教授的近况时，他大吃一惊，这位教授居然在有钱、有论文的情况下，没拿到终身教授的位子。 1995年，在周耀旗到哈佛前夕，就彻底离开了学术界。
想当初，周耀旗因被拒无奈下去了北卡，过渡一年才去往了哈佛，最终找到喜欢的方向。此时的他，颇有一种“塞翁失马，焉知祸福”的感觉。
转眼到了1997年，三年多的博士后，周耀旗发表了10多篇论文，打算凭借这些成果找教职。
但挫败又一次来临。他接连投了三年简历，直到1999年，才凭借一篇Nature论文拿到布法罗大学的助理教授职位。
“决不夸张地说，凡是听说过的有位置的学校，我都申请过。每年寄求职信的邮资就几百块美元。 ”
在这期间，周耀旗的第一个女儿出生，找到一份工作变得更加迫切，周耀旗第一次感受到，该养家糊口了。
1998年，他决定从非连续分子模型模拟蛋白的研究中跳出来，主动向Karplus老板要来了分子力学模拟蛋白质分子动力学方面的题目。
接下来的一年时间里，周耀旗一边投简历一边做科研，先后有三篇文章送审Nature 。但结果都是被拒，最后一篇是Karplus亲自打电话给编辑，指出审稿人自相矛盾，才成功把文章救活。
周耀旗坦言， “如果没有Karplus的名声，这种起死回生的事是不可能的。 ”
这篇论文也对结束周耀旗的多年博士后生涯起到了决定性的作用。 1999年9月底，周耀旗的这篇Nature终于刊载，并在接下来获取的六个大学教职机会里面，选择了启动经费最高的纽约州立大学布法罗分校，成为该校医学院生理和生物物理系的助理教授。
回顾在美国找教职的那些日子，周耀旗称，用一个字来描述的话，就是“累”——看不到前景的累，没有希望的累。但熬过来之后，又觉得是一种磨练，刻骨铭心的磨，浴火重生的练。