院内肿瘤分子检测平台如何快速精确辅助临床？取决于这些因素二代测序(next-generationsequencin

文章图片
二代测序(next-generationsequencing ， NGS)技术是一种大规模并行高通量测序技术，能够一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行测序。 NGS以其高通量、高精度、操作简单、速度快等优点，在精准医学应用中发挥的作用越来越明显。河南省肿瘤医院临床病理中心副主任，分子病理科主任马杰教授在中华医学会病理学分会第二十七次学术会议暨第十一届中国病理年会上报告了基于基因测序仪GENETRONS5（国械注准20193220820 ，下同）的分子检测一站式解决方案，详细阐述了NGS的重要性和必要性，以及GENETRONS5测序平台的特点、优点和创新点。
NGS在精准医疗中的作用
随着精准医学概念的不断普及及深入，肿瘤的诊疗模式也在不断发生变化，由最初的放化疗，向靶向治疗、免疫治疗的模式发展。马杰教授抛出问题，在肿瘤临床诊疗过程中，应该检测哪些基因才能更好的进行诊断和治疗呢？以非小细胞肺癌（non-smallcelllungcancer ， NSCLC）为例，美国NCCN指南推荐检测的分子， 2010年只有EGFR一个基因。随着NGS技术不断的发展，越来越多的分子标志物被发现，截至2021年NCCN指南V6版， NSCLC推荐检测的标志物有十多个，基因位点数则是更多。并且在美国NCCN指南，中国CSCO指南和欧洲EMSO指南等多种指南中都明确推荐NGS的检测方法。因此，多基因检测已经成为临床肿瘤诊疗的必然趋势， NGS在肿瘤的精准诊疗中发挥着重大作用。

文章图片
图1：NGS多基因检测是肿瘤精准诊疗的必然趋势
NGS的优势
马杰教授比较了NGS与传统分子检测技术，更加清晰直观的展示了NGS强大的优势。传统分子检测技术一次只能检测一种结果。如果要实现多基因多位点的检测，不仅检测周期较长，而且需要样本量大，样本耗竭是面临的主要问题。而NGS可以实现少量组织样本获得最大化信息。一份样本，一次检测，一份报告，覆盖多种检测结果。 NGS特点明确，优势鲜明，用更少的样本量，更短的检测周期，获取更多的收益。

文章图片
图2：NGS与传统测序比较
院内开展NGS的挑战
近年来，多项指南共识推荐肿瘤精准诊疗相关的基因和靶点越来越多，加速了肿瘤基因检测合规化的进程；国内药品和基因检测的相关政策，也加速了NGS技术的临床应用。 NGS检测作为肿瘤精准诊疗的工具和主要技术手段，在合规化的道路上，国内法规、政策都做出了明确的指引。但是，由于NGS技术的复杂性，使其在院内落地运营过程中面临诸多挑战。马杰教授总结了院内开展NGS的四大挑战：

文章图片
图3：医院内开展NGS面临的四大挑战
挑战一：实验室要求比较严格。普通的PCR实验室难以满足NGS检测的需求。按照卫生部临检中心建议的实验室分区，至少需要标准的6联间。例如， life平台开展需要标准的6联间、illumina平台的开展需要标准的8联间。
挑战二：实验操作和生信分析流程更加复杂。相较于传统的PCR方法， NGS的实验流程更加复杂，实验流程包括湿实验和干实验两部分。 NGS的湿实验操作步骤繁琐，干实验则需要专业生信人员的参与，并协助分析。
挑战三：报告内容解读更加复杂。相较于传统方法， NGS的结果报告，提供的信息较多，内容比较复杂，例如：不同分子分型如何用药？用药敏感位点与潜在耐药位点共突变，如何用药？稀有突变如何用药？报告出具环节，分子检测科室需要更多考量。