AlphaFold「奠基人」周耀旗：用37年的边角料研究，找一座「精神乌托邦」( 九 ) 每次看到家中昙花盛开

2019年，周耀旗终于说出， “我们的二级结构的预测接近了理论的极限，准确度达到86% 。 ”
同年，哈佛大学的MohammedAlQuraishi研究员将周耀旗的无结构碎片结构预测的方法，全部搬到深度学习的神经网络内，从而避开了没有好的能量函数的这个难点。
周耀旗已经预料到，这个端到端的、从主链二面角到蛋白质三级结构的训练和预测工具，将成为蛋白质结构预测中的一个重要的转折点。
但他没想到的是，这场生物信息学的革命来得如此之快。
2020年底，一个名为“AlphaFold2”的AI工具席卷整个产学研领域。尤为注意的是， AlphaFold2中的深度学习方法，明显受到了AlQuraishi进行端到端结构预测的启发，并创新为端到端的“支链二面角预测--主链结构构建--结构误差反馈”的思路。
一个关键是，在第一步中， AlphaFold2也采用了周耀旗曾使用的避开角度周期法。
周耀旗第一次离科学革命如此之近。二十年来，他突然觉得，蛋白质的二面角预测，有了一种“被关注到”的感觉。
他说， “解决一个科研难题像是一场长跑接力赛，虽然不是最后一个到达终点的，但能成为递送接力棒中的一员，也是一种无上的幸福。 ”
从世纪初到2020年，周耀旗二十年饮冰，终是窥见天光。
58岁回国，一场跨越36年的异国旅程那一切发生在周耀旗58岁之前。 2021年3月，周耀旗做了一个大胆的决定，全职回国。
三十六年里，他也不止一次地想要回来，直到他入职澳洲后，回国的机会才变得多了。
2013年，周耀旗来到妻子的故乡山东，连续六年兼职担任德州学院物理与电子学院的海外特聘教授。正是在这段时间里，他看到了国内的生物技术的高速发展，以及生物学新药在临床上的重大突破。他毫不犹豫地说出，这是一个生物科技制药的时代。
此后多年，周耀旗一直寻找一个最合适的回国时机。终于， 2021年3月，深圳湾实验室的常务副主任吴云东院士，邀请他入职了系统与物理生物学研究所。
巧合的是，在上世纪80年代，吴云东是比周耀旗更早批参与到中美合作化学研究生项目（CGP）。
他长周耀旗六岁，同是江苏子弟。在学术上，吴云东坚持着“不退休”的思想，他看中了周耀旗还在不断上升发展的趋势，邀请周耀旗回国内， “再干几十年” 。
回国后周耀旗开始快速招聘研究助理、博士后、助理研究员、副研究员。团队成员从2021年7月的11个人扩充到25个人，其中不乏生物、物理、化学、人工智能计算和软硬件等多学科背景的研究人员和工程师，现在还在继续寻找各方面的优秀人才。

文章图片
团队在2022年元旦时留影
目前，周耀旗已和团队确定了三个研究方向：
一是基础研究，延续周耀旗在蛋白质/RNA结构预测上多年耕耘的专长，期望通过计算和高通量实验的结合，在AlphaFold的成就上更上一步；
二是应用研究，利用AI、深度学习对生物、医疗大数据进行挖掘，希望设计出针对病毒和癌症的小分子药、生物药、纳米抗体，加速新药的发现和应用；
三是原创研发，目前正在设计制造新一代的免疫印迹成像仪和自动进化仪，目标是超越国际顶尖水平。
周耀旗称， “这是投笔从戎，做一些能落地的事情。 ”
去年中秋，是周耀旗过去36年在国内过的第一个团圆节、他发了一个朋友圈，感慨国内科研环境生机勃勃， “每开一次会，出一次差，吃一次饭，微信朋友都长一圈。 ”