AlphaFold「奠基人」周耀旗：用37年的边角料研究，找一座「精神乌托邦」( 七 ) 每次看到家中昙花盛开

这时候的他，也带着新的人生理解，走入了新世纪。
从0到1的原创科研，二十年终现天光从周耀旗新世纪的研究里，能看到他着力点的转向。在此之前，他博士期间研究的是凝聚态物理和统计力学，博士后转向了计算生物学的分子动力学和蛋白质折叠。此时，在他独立做教授后，又将结构生物信息学作为了研究主线。到了布法罗之后，周耀旗的精力分成了两股，一边做科研找经费、一边利用余下的时间招聘博士后。

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周耀旗一家人，在布法罗附近的尼加拉瓜瀑布
他延续了博士后期间的贝类血红蛋白项目，并以此写下了布法罗的第一笔NIH基金申请书。
为了第一笔经费，周耀旗付出了很多心血，先从在MIT化学系做助理教授的BruceTidor师兄那里要到了一份成功的申请样本，用三个月的时间写作、完善细节，完稿后又到处征求意见。
他憋足了一口气，拼命工作，每天回到家就像瘫了一样。博士后期间受到的Karplus一直抠细节，强调数据重要性的训练，为写出一份上佳的申请书发挥了极大作用。系里的老教授和同事，都对他的申请书作出了极高评价。
然而，自从2000年6月提交申请后，直到第三个月才有了结果——没进前50% ，连评分也没有。
周耀旗一点心理准备也没有，这个结果对他就是一种晴天霹雳。
“反差太大了！我辛苦那么长时间、业内朋友的评语那么好，得到的却是最差的结果。 ”
又经过了一个月的修改，周耀旗重新提交了修改版本，并转投了NSF 。过了半年，申请书退了回来。这样来来回回一共退了两次，每次都是旧问题解决了，新的审阅人又有了其他意见。
2003年，周耀旗彻底绝望了，他不可能打中一直在动的目标。
与此同时，和周耀旗同期入职的三个同事，都在两年内拿到了第一笔NIH经费。系主任也多次提醒， “如果还拿不到经费，你必定不能通过2005年的终身教授考核。 ”
那两年里，周耀旗屡败屡战。但当他回到家与妻子聊起时，再也控制不住自己情绪，第一次当着妻子的面掉了眼泪。周耀旗感觉身体素质明显下降，拿不到经费成了他心中的郁结。好在妻子一直支持他，周耀旗终于明白，拿经费和终身教授教职是一场持久战，心急不得。
终于，在多个项目同时不断的申请中， 2003年的2月，周耀旗凭借“基于结构的蛋白质折叠机制预测” ，拿到了在布法罗的第一笔75万美金的NIH经费。
周耀旗总结，这次的成功是他延续了之前的Nature研究，做出了把简单蛋白质模型发展成全原子模型的创新。他也终于看清了， NIH和NSF对贝类血红蛋白体系没有兴趣，才是第一个申请失败的根本原因。
只过了一个月，周耀旗凭借“统计势函数的发展和应用”又拿下第二笔60万美金的NIH经费。系主任马上决定启动并在2004年提前通过了他的终身副教授审核。
周耀旗明白，用自己的数理知识去冲击新方向，更容易产生新火花。
这也反映在他招聘博士后时，非常喜欢招一些有数理基础的其他科研背景的人。
2000年进组的博士后周宏毅， 2004年入组的以色列博士后OferDor ，就是因此结缘。他们分别为高能核物理和计算科学背景。周耀旗在与他们的合作中，经常碰撞出新的思路。
其中一个让周耀旗印象深刻的成果，是他与周宏毅发展出一个基于模板的蛋白质结构预测方法--SPARKS和SP3 ，并一举拿下2004年CASP（国际蛋白质结构预测比赛）基于模板预测的第一名。