Alphafold不能取代结构生物学家!
刚决定离美归国不久的颜宁,再度发声 。
事实上自她宣布“归去来兮”后,喧嚣与争议都没停过 。
这其中最匪夷所思的,就是关于回来原因的讨论——工作被AI替代了,所以在美国混不下去了 。
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于是在深圳“忙到现在”的颜宁,终于给出回应:
Alphafold仍停留在我们5年前水平,与AI团队合作迄今预测无一正确 。
还罗列出了各种目前AI在结构生物学还无能为力的方面 。
不少网友表示:不懂这行,但听到颜老师这么说,就放心了 。
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“Alphafold仍停留在我们5年前水平”颜宁离美归国创办深圳医学科学院,是在11月1日官宣的,一时备受关注,圈内圈外不少人都表达了夸赞和期待 。
但一些质疑声也随之而来 。
个中话题,涉及其私人经历,人事变动,甚至论文引用规范……最为引人关注的,还是——这位科学家之所以回国,因其研究方向已被AI取代 。
对此,颜宁的回应可以概括为三个方面 。
其一,自己没被AI取代,还远着呢;其二,AlphaFold专注于折叠,但对结构生物学领域,有三大理解问题,AI无能为力;其三,作为科研工作者,当然乐于拥抱技术进步 。
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【科学家|离美归国因AI抢走饭碗?颜宁本人长文回应】具体来说 。
颜宁所专注的电压门控钠离子和钙离子通道有几个关键问题(electromechanical coupling, ion selection, MOA of drugs and toxins),AlphaFold在我们过去解析的诸多结构的基础上,于2021年预测结果达到了他们2017年的水平;
但一年过去,AlphaFold依旧停留在5年前(这里仅针对Nav/Cav) 。
为证明这点,她还摆出自己2021年8月及今年11月的两次「AlphaFold局限性」主题报告PPT封面,称自己除日期外,内容一字也无需改 。
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此外,她还拿自己的亲身经历作为补充,本来已与专门做结构预测的AI团队合作,测试新型小分子与蛋白的相互作用 。但迄今为止预测无一正确 。
接着,科普博主颜宁从专业的角度探讨了AlphaFold与结构生物学之间的关系 。
一言以蔽之,AlphaFold属于蛋白质预测模型,专注于折叠,但对结构生物学来说,在折叠之外,有三大理解问题,AI无能为力 。
理解蛋白质的动态变化理解与其他生物大分子或者调节小分子的相互作用理解在细胞原位里的状态 。
目前上述领域缺乏足够数据对AI进行训练,因此模型无法对其提供正确预测 。
一个典型的例子,就是去年他们团队发表了Cav2.2结构的成果 。这是一种神经组织N型电压门控钙离子通道,与人体痛觉传导有关 。解析其结构有助于了解通道调控机理,也为相关止痛药设计研发提供思路 。
因为发表晚了一步,没有放到数据库给到AlphaFold训练 。于是经由它预测出来的结构,就与实验结果严重不符 。
最后,颜宁还谈了谈对AlphaFold这些新技术的态度 。
她表示:
真正的研究者都乐于拥抱技术进步,善用各种技术去探寻、解答自己感兴趣的问题 。事实上,我期待AI越来越强大,如果它真的可以强大到把我上述提的三个理解都实现,那我们真可以正儿八经从化学角度研究生命起源了 。
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